Santos chủ yếu sử dụng hệ thống chiến thuật thực dụng và cân bằng, với đội hình cốt lõi là 4-2-3-1, có thể linh hoạt chuyển đổi sang 4-3-3 tùy theo tình hình trận đấu. Trọng tâm chiến thuật là phòng ngự chắc chắn, chơi chuyển đổi nhanh, và kết hợp giữa tấn công biên và trung lộ. Đội bóng rất hiểu rõ khoảng cách về sức mạnh so với các câu lạc bộ hàng đầu, và khi đối mặt với những đối thủ mạnh, họ không áp dụng chiến thuật pressing cao một cách mù quáng. Thay vào đó, họ chọn chiến lược tiến triển ổn định. Trong phòng ngự, đội bóng nhấn mạnh cấu trúc chặt chẽ và tổ chức tốt, với tất cả các tiền vệ lui sâu để tạo ra nhiều lớp phòng ngự. Điều này tăng cường sự bao phủ phòng ngự ở khu vực trung tâm và biên, đặc biệt tập trung vào việc chặn các đột phá của đối phương qua các khoảng trống hẹp và từ cánh. Bằng cách sử dụng phòng ngự phối hợp và pressing cục bộ cường độ cao, họ làm gián đoạn nhịp điệu chuyền bóng và kiểm soát của đối phương, khiến cho đối phương khó có thể nhanh chóng vượt qua đường phòng ngự của họ.